O Serviço de Epidemiologia e Controle de Infecção Hospitalar (SECIH) do Hospital Pequeno Príncipe — formado por médicos, enfermeiras e biomédicos — desenvolve ações contínuas referentes à epidemiologia hospitalar e atividades que visam a prevenir eventos de infecção relacionada à assistência em saúde (IRAS). Assim, busca garantir mais segurança e qualidade no atendimento aos pacientes.

O SECIH realiza várias atividades, como a vigilância hospitalar das infecções relacionadas à assistência em saúde; visitas técnicas aos diversos setores; controle de antimicrobianos; orientações de precauções e isolamento; apoio na orientação e avaliação dos acidentes com material biológico, conforme protocolo do Ministério da Saúde; apoio na avaliação da padronização de novos materiais, produtos e equipamentos hospitalares; e organização da autoavaliação para a renovação anual da Licença Sanitária. Promove reuniões científicas e treinamentos periódicos, e, devido a esse escopo de atuação, também é um campo de estágio e de educação em saúde, recebendo residentes médicos e multiprofissionais, assim como acadêmicos da instituição.

O Pequeno Príncipe foi reconhecido, pelo quinto ano consecutivo, como o melhor hospital exclusivamente pediátrico da América Latina, segundo a revista norte-americana Newsweek. Das 250 organizações que compõem o rol, 13 são brasileiras. Em mais um ano, o Pequeno Príncipe foi o primeiro hospital exclusivamente pediátrico da América Latina a figurar nesse ranking internacional, subindo para a 70.ª posição, oito lugares acima da obtida no ano anterior.